Das Bundesministerium für Wirtschaft und Technologie regelt per Arzneimittelpreisverordnung (AMPreisV) im Einvernehmen mit dem Bundesministerium für Gesundheit die Handelsspannen der Apotheken und des pharmazeutischen Großhandels für verschreibungspflichtige Arzneimittel. Seit 2011 beträgt der zulässige Großhandelszuschlag auf den Herstellerabgabepreis 3,15 Prozent, höchstens jedoch 37,80 Euro plus zusätzlich 70 Cent. Vor dieser Änderung durch das Arzneimittelmarkt-Neuordnungsgesetz waren es seit 2003 sechs bis 15 Prozent bis zu maximal 72,00 Euro. Die Apotheke darf auf diesen ihren Einkaufspreis drei Prozent und seit 2013 einen pauschalen Zuschlag von 8,35 Euro je Packung aufschlagen. Hinzu kommen seit dem 1. Januar 2020 weitere 21 Cent (vorher: 16 Cent) für die Finanzierung einer 2013 eingeführten Notdienstpauschale, die die Apotheker zusätzlich zur Notdienstgebühr für jeden geleisteten Notdienst erhalten. Darauf kommt dann die Mehrwertsteuer. Besondere Zuschläge gelten für in Apotheken hergestellte Arzneimittellösungen unter anderem für die Krebs- und Schmerztherapie. Sie liegen zwischen 51,00 und 90,00 Euro je Zubereitung. Das Arzneimittelversorgungs-Wirtschaftlichkeitsgesetz von 2006 und das GKV-Wettbewerbsstärkungsgesetz von 2007 erlauben den Krankenkassen, abweichend von den Regeln der Arzneimittelpreisverordnung mit den Herstellern individuelle Rabattverträge zu schließen.

Bei neuen Medikamenten gilt der nach der Nutzenbewertung zwischen Kassen und Herstellern vereinbarte Erstattungsbetrag als Basis für die Berechnung des Großhandels- und Apothekenzuschlages.

§§ 2–10 AMPreisV, § 78 AMG
Arzneimittel-Rabattverträge