Der Beruf des Apothekers setzt ein Pharmaziestudium voraus. Näheres zur Ausbildung und Berufsausübung regeln das Gesetz über das Apothekenwesen, die Approbationsordnung für Apotheker und die Apothekenbetriebsordnung.

Aufgabe des Apothekers ist die Abgabe von Arzneimitteln sowie die Rezeptur-Anfertigung. Für den Betrieb einer Apotheke, auch einer Krankenhausapotheke, ist eine Erlaubnis der zuständigen Landesbehörde einzuholen. Eine besondere Erlaubnis ist für den Arzneimittel-Versandhandel notwendig. Seit 2004 ist das sogenannte Mehrbesitzverbot aufgehoben, sodass Apotheker neben einer persönlich geführten Hauptapotheke bis zu drei Filialapotheken mit angestellten Apothekern betreiben dürfen.

Für Apotheker besteht Niederlassungsfreiheit. Sie sind in Apothekerkammern organisiert. Spitzenorganisationen sind die aus den Länderkammern zusammengeschlossene Bundesapothekerkammer, der Deutsche Apothekerverband als Zusammenschluss der Landesapothekerverbände und -vereine sowie die Bundesvereinigung Deutscher Apothekerverbände.

Die Apothekenbetriebsordnung formuliert personelle, sächliche und organisatorische Anforderungen an den Apothekenbetrieb. Diese umfassen Ausstattung, Personal, Lagerhaltung sowie die Annahme- und Abgabemodalitäten. Weitere Inhalte sind die Grundsätze zur Dienstbereitschaft, zur Durchführung von Arzneimittelprüfungen, zur Rezeptur-Anfertigung sowie die Zusammenstellung der sogenannten apothekenüblichen Waren. Jeder Apotheker ist an dieses Apothekensortiment gebunden.